Les différents groupes de recherche de la Section des sciences pharmaceutiques offrent de nombreuses possibilités pour réaliser des recherches conduisant au doctorat.
Le titre de docteur ès sciences, mention "Sciences pharmaceutiques" peut être envisagé selon le règlement de la Faculté des sciences de l'Université de Genève. Les conditions d’admission pour un doctorat en sciences pharmaceutiques sont un Master en pharmacie, sciences pharmaceutiques ou diplôme équivalent d’une autre discipline.
Les doctorats en Section des sciences pharmaceutiques dépendent du Programme Doctoral de cette section.