La première année dans l'Alma Mater permet une mise à niveau et la consolidation des connaissances de base. Les branches enseignées, issues des sciences fondamentales vont de la biologie à la physique, en passant par la chimie. Des cours plus spécifiques, comme l'introduction aux sciences pharmaceutiques sont également proposés : capsule médicament et société I, et Sciences pharmaceutiques. Dès cette première année, un accent particulier est donné au niveau des heures de travaux pratiques (TP).

Le programme de la première année en sciences pharmaceutiques est enseigné dans les universités de Lausanne, Neuchâtel et Genève et est coordonné avec la suite du cursus de l'ISPSO. Les enseignements de sciences pharmaceutiques (Capsule médicament et société I et Sciences pharmaceutiques) sont donnés de façon commune pour les trois Universités.

En plus de la poursuite d'enseignements de sciences pharmaceutiques (Galénique, Biopharmacie, Capsules thématiques etc), la deuxième année voit l'introduction des sciences médicales de base (Anatomie, Bactériologie, etc.) et la poursuite de domaines choisis des sciences fondamentales (Chimie organique, Biochimie, etc.). Les enseignements se font entre autre sous la forme de modules de cours thématiques pluridisciplinaires (Capsules médicament et patient et Capsules médicament et société). Les parties d'enseignements spécifiques sont assumées par des partenaires académiques (Faculté de médecine, Faculté des sciences). Une formation en interprofessionnalité est également introduite.

L'étudiant poursuit sa formation au moyen de nombreux travaux pratiques.

La troisième année achève le premier cycle du cursus par l'obtention du Bachelor en sciences pharmaceutiques.

Les enseignements continuent sous la forme d'enseignements spécifiques (Pharmacognosie et phytochimie, Pharmacie galénique, Méthodologie pharmaceutique, Analyses biomédicales) et de modules de cours thématiques pluridisciplinaires (Capsules médicament et patient et Capsules médicament et société). Les parties d'enseignements spécifiques sont assumées par des enseignants de la section des sciences pharmaceutiques ou des partenaires académiques (Faculté de médecine). La formation en interprofessionnalité est également poursuivie.

Les travaux pratiques se poursuivent, avec les aspects liés au médicament qui sont abordés sous différents angles, de la synthèse du principe actif à l'analyse du produit fini.

L'étudiant entre ainsi de plain-pied dans le domaine pharmaceutique et acquiert une solide formation de base au moyen d'enseignements choisis.